A estrutura orgânica do Hospital do Prenda compreende os seguintes órgãos:

1. Órgãos Unipessoais de Direcção

1. Director Geral
2. Director Clínico
3. Director de Enfermagem
4. Director Pedagógico e Científico
5. Director Administrativo

2. Órgão Colegial de Deliberação

1. Conselho Directivo

3. Órgão Consultivo

1. Conselho Geral

4. Órgão de Fiscalização

1. Conselho Fiscal

5. Órgãos colegiais de Apoio Técnico

1. Conselho Clínico
2. Conselho de Enfermagem
3. Conselho Administrativo
4. Conselho Pedagógico Científico

6. Comissões Especializadas

7. Gabinete do Utente

8. Serviço de Admissão e Arquivo Médico-Estatístico.